Résumé de l'arrière-plan
Il existe des preuves d'une contribution génétique à la parodontite chronique. Dans cette étude, nous avons mené une étude génome large d'association entre les 866 participants de l'Université de Pittsburgh Registry Dental and Repository ADN, dont le diagnostic parodontale variait de santé (N = 767) à la parodontite chronique sévère (N = 99).
Méthodes
génotypage
i de plus de un demi-million polymorphismes nucléotidiques simples a été déterminée. Les analyses ont été effectuées deux fois, d'abord dans l'ensemble de données complète de toutes les ethnies, et le second comprenant uniquement des échantillons définis comme les Blancs autodéclarées. Depuis les 100 premiers résultats, vingt polymorphismes nucléotidiques simples avaient des résultats cohérents dans les deux analyses (p-valeurs limites allant de 1E-05 à 1E-6) et ont été choisis pour être testés dans deux ensembles de données indépendants provenant de 1.460 individus de Porto Alegre, et 359 de Rio de Janeiro, Brésil. Résultats de méta-analyses des polymorphismes nucléotidiques simples montrant une tendance pour l'association dans l'ensemble de données indépendantes ont été réalisées.
Le marqueur de rs1477403 situé sur 16q22.3 ont montré une association suggestive dans la phase de découverte et dans l'ensemble de données Porto Alegre (p = 0,05). La méta-analyse a suggéré l'allèle moins fréquente diminue le risque de parodontite chronique. De Conclusions
Nos données offrent une hypothèse claire à tester de manière indépendante en ce qui concerne la contribution du 16q22.3 locus à la parodontite chronique.
Mots-clés
parodontite parodontite chronique parodontite agressive génétique génétique médicale polymorphisme génétique électronique matériel supplémentaire
La version en ligne de cet article (doi:. 10 1186 /1472-6831-14-84) contient du matériel supplémentaire, qui est disponible à les utilisateurs autorisés.
de fond
Bien que les études de la famille donnent à penser que les facteurs environnementaux sont les principaux déterminants de la variance dans la parodontite chronique [1-5], les comparaisons entre élevés-ensemble et adultes jumeaux monozygotes indiquent-dessus, hormis que l'environnement familial précoce n'a pas influence appréciable sur l'état parodontal des adultes [6]. Plusieurs études d'association ont été publiés au cours de la dernière décennie en vue d'identifier les facteurs génétiques contribuant à la parodontite chronique [7]; Cependant, les résultats ne sont pas nécessairement les mêmes en fonction de la population étudiée [8].
Plus récemment, une vaste étude d'association du génome [9, 10], y compris 1020 et 4504 participants auto-défini comme les Blancs choisis dans le Atherosclerosis Risk in Communautés (ARIC) de cohorte longitudinale a suggéré un roman quelques loci être des contributeurs possibles à la parodontite chronique, bien qu'aucun d'entre eux a atteint la signification statistique formelle. En outre, les deux listes de polymorphismes nucléotidiques simples associés du ARIC ont étudié des échantillons [9, 10] n'a pas de toute évidence se chevauchent. Divaris et al. [9] a également inclus des analyses fondées sur la colonisation bactérienne de huit espèces et les résultats suggèrent loci supplémentaires qui peuvent contribuer à la susceptibilité individuelle d'être colonisé par des groupes bactériens spécifiques.
Dans cette étude, nous avons pris en considération la présence de mélange ethnique étudier l'association entre la variation génétique et la parodontite chronique. Une analyse d'association pangénomique pour la parodontite chronique a été réalisée, y compris l'analyse ajustée par le tabagisme et la situation du diabète et mis en scène en ajoutant de manière incrémentielle des échantillons provenant de différentes ethnies, pour aborder le rôle des gènes dans cette maladie. Nos résultats offrent une hypothèse claire à tester de manière indépendante en ce qui concerne la contribution au 16q22.3 et 21q22.11 loci à la parodontite chronique.
Méthodes
échantillon Discovery
Tous les patients étaient participants dans le Registre Dental and Repository ADN (DRDR) de l'Université de Pittsburgh School of Dental Medicine. A partir de Septembre 2006, tous les individus qui cherchent un traitement à l'Université de Pittsburgh School of Dental Medicine ont été invités à faire partie du registre. Ils donnent un consentement éclairé écrit autorisant l'extraction d'informations à partir de leurs dossiers dentaires. En outre, elles fournissent un échantillon de salive à partir de laquelle l'ADN peut être extrait. des échantillons de salive non stimulés ont été obtenus à partir de tous les participants (on a demandé aux personnes de cracher) et stockées ii à la température ambiante avant d'être traitées. La centrifugation a été effectuée dans les échantillons de salive. L'ADN a été extrait selon les instructions du fabricant. L'Université de Institutional Review Board Pittsburgh approuve ce projet et tous les individus ont signé un document de consentement éclairé avant de participer.
En Janvier 2010, les données de 886 personnes ont été extraites de la base de registre pour ce projet. Vingt personnes de moins de 17 ans ont été exclus. L'âge moyen des participants était de 41,2 ans avec des âges allant de 25 à 89 ans. Cent vingt-huit étaient des fumeurs et 44 avaient le diabète. Les participants ayant 30% ou plus des dents avec des sites de perte d'attache clinique de cinq millimètres ou plus ont été définis comme ayant la parodontite chronique [11, 12]. Les participants qui ont eu une perte de cinq millimètres de fixation en moins de 30% des sites ne sont pas inclus dans l'étude. Aucun cas qui ont été diagnostiqués comme parodontite agressive ont été inclus dans cette étude. Quatre-vingt-neuf patients ont été diagnostiqués avec parodontite chronique (42 femmes et 57 hommes avec des âges allant de 30 à 83 ans). Sur la base de leur appartenance ethnique autodéclarée 63 étaient blancs, 32 noirs, et quatre appartenaient à d'autres groupes ethniques et ces patients comprenait le groupe touché. Les personnes non affectées étaient 767 (382 femmes et 385 hommes avec des âges allant de 25 à 84 ans). Sur la base de leur appartenance ethnique autodéclarée 543 déclarent être blanc, 158 noir, et 66 se rapportant à d'autres groupes (Tableau 1). Des détails supplémentaires sont présentés sous forme de fichier supplémentaires 1 (Annexe 1: "Définition phénotypique"). Le référentiel de registre et l'ADN dentaire est un projet en milieu hospitalier et il est prévu que les données cliniques seront enregistrées par un certain nombre de professionnels. Tous les dossiers de recherche ont été examinés afin d'exclure la possibilité que les cas peuvent avoir agressif periodontitis.Table 1 Résumé des populations d'étude
variable
Pittsburgh
Porto Alegre
Rio de Janeiro
N
866
1460
359
statut parodontite
concernés
99 (11,4%)
430 (29,4%)
183 (51%)
non concernés
767 (88,6%)
1030 (70,6%)
176 (49%)
âge moyen (Années )
41
40
56
Sex
Femmes
439 ( 50,7%)
784 (53,7%)
257 (71,6%)
Hommes
427 (49,3%)
676 (46,3%)
105 (28,4%)
fond ethnique
Blanc
606 (70%)
1188 (81,4%)
288 (80,2%)
Noir
190 (21,9%)
272 (18,6%)
71 (19,8%)
Autres
70 (8,1%)
0
0
fond ethnique
Blanc
63
348
147
Chez les individus avec
noir
32
82
36
avec parodontite
Autre
4
0
0
Smoker
128 (14,8%)
430 (29,4%)
39 (10,9%)
autodéclarée diabète
44 (5,1%)
40 (2,7%)
31 (8,6%)
échantillons d'ADN ont été génotypés pour 620,901 polymorphismes nucléotidiques simples (SNP) iii. Les détails de nos calculs de puissance sont présentés sous forme de fichier supplémentaires 1 (Annexe 2: «Calculs de puissance de l'échantillon de découverte" et fichier supplémentaire 1). Le tableau SNP particulier choisi comprend les SNP qui sont représentatifs pour les personnes à la fois ascendance africaine et européenne [13], que nous avons examiné un aspect important de la conception, puisque le groupe d'étude était composé de personnes qui sont les Blancs ou les Noirs autodéclarées.
Association entre le statut parodontite d'affection et chaque polymorphisme de nucléotide unique à travers l'ensemble du génome a été testé en utilisant PLINK [14] et toutes les analyses ont été ajustés pour l'âge, le sexe, le statut du diabète (oui ou non), et le tabagisme (fumeur ou non-fumeur ), les variables qui sont associées à des niveaux de maladie parodontale distincts [15-19]. Les données sur les ex-fumeurs n'a pas été cohérente dans tous les données de registre et cette variable n'a pas été utilisé dans l'analyse. Dans l'analyse de l'ensemble de données complet, nous avons également ajusté pour les principales composantes d'une évaluation de la structure de la population, comme décrit dans le fichier additionnel 1 (Annexe 3: «Génome large analyse," Annexe 4: "Réglage pour l'ethnicité dans le génome large Analyse "fichier supplémentaire 1). Nous avons ensuite répété ces analyses avec des échantillons provenant d'individus blancs seulement (fichier additionnel 1). Pour tenir compte des tests multiples, une p-valeur inférieure à 1E-07 (0,05 /473.514) a été considérée comme statistiquement significative.
Suivi des échantillons
De 100 résultats avec les p-valeurs les plus faibles, nous avons choisi la plus cohérente les résultats (les résultats qui ont continué à montrer une tendance d'association) des deux analyses (c.-à
, des analyses de l'ensemble de données complet et avec des échantillons provenant d'individus blancs seulement;. fichiers supplémentaires 1), composé de vingt polymorphismes nucléotidiques simples (tableau 2). Ceux-ci ont ensuite été testés dans deux cohortes en population indépendants du Brésil. Les détails de ces échantillons sont présentés dans le tableau 1 et comme complémentaires fichier 1 (Annexe 5: "Détails des échantillons suivi»). Définition de la maladie parodontale utilisé était le même que celui décrit dans la découverte sample.Table 2 Résumé des résultats du génome large balayages d'association et une analyse indépendante pour parodontite
Marker
Minor fréquence allélique chronique
Locus
Lieu /gène
Genome scan valeur p de large tous les échantillons (99 touchés, 767 non affectés)
génome large balayage blancs p-valeur seulement (63 touchés , 543 non affecté)
indépendant Porto Alegre cohorte p-valeur (430 affectée, 1,030 affectée)
indépendante Rio de Janeiro cohorte p-valeur (183 affectée, 176 affectée)
rs10858049
0,19
1p13.2
DENND2C
9.54E-05
0.01
0.78
0.3
rs4572866
0.19
4p15.2
Intergenic
5.80E-05
0.0006
0.49
0.42
rs6905786
0.45
6q16.2
Intergenic
1.41E-05
0.0003
0.65
0.72
rs7740539
0.26
6q21
Intergenic
1.39E-05
2.85E-05
0.16
0.65
rs10266202
0.41
7p21.3
Intergenic
3.89E-05
0.0003
0.68
0.4
rs4735081
0.4
8q23.1
Intergenic
1.80E-05
4.71E-05
0.48
0.86
rs6597536
0.15
9q34.13
MED27
3.62E-05
0.0002
0.91
0.9
rs1954179
0.34
10q25.2
RBM20
7.42E-05
0.0008
0.85
0.82
rs10501568
0.1
11p14.1
DLG2
8.81E-06
9.38E-05
0.58
0.66
rs1026477
0.47
11p14.1
MPPED2
5.48E-05
2.79E-06
0.68
0.98
rs982322
0.31
12q14.1
SLC16A7
3.99E-05
0.0008
0.48
0.74
rs1913208
0.42
13q33.1
Intergenic
6.46E-05
0.0004
0.17
0.6
rs1477403
0.46
16q22.3
Intergenic
6.18E-05
0.0001
0.05
0.66
rs1558878
0.45
17q24.2
ARSG
8.53E-05
0.0004
0.63
0.29
rs8066940
0.42
17q25.3
Intergenic
2.79E-05
0.0004
0.37
0.3
rs7254232
0.38
19q13.32
Intergenic
2.57E-06
0.0005
0.14
0.2
rs2833017
0.45
21q22.11
Intergenic
5.20E-05
0.0004
0.32
0.001
rs9305434
0.33
21q22.11
Intergenic
7.91E-05
0.0008
0.41
0.008
rs2048126
0.46
21q22.11
Intergenic
8.43E-05
0.0008
0.43
0.001
rs466092
0.25
21q22.3
MX2
1.28E-05
1.10e-05
0,14
0,76
Note: P -values sont liés aux différences dans la répartition des polymorphismes nucléotidiques simples entre les individus affectés et non affectés.
pour les 20 polymorphismes nucléotidiques simples sélectionnés pour ce test indépendant, génotypage a été effectué en utilisant la chimie TaqMan [20] et l'analyse du point final. iv Tous les marqueurs génétiques étaient en équilibre Hardy-Weinberg (données non présentées). Pour déterminer l'association entre la maladie et tout allèle ou d'un génotype de fréquence, nous avons utilisé la régression logistique ajusté pour l'âge, le sexe, l'origine ethnique, le statut de diabète, et le tabagisme en utilisant PLINK [14]. Les données sur les ex-fumeurs n'étaient pas disponibles dans ces ensembles de données. L'échantillon de Porto Alegre a également été ajusté par l'indice de masse aussi bien depuis que ces données étaient disponibles et cette variable a été associée à des maladies parodontales. Les valeurs P égale ou inférieure à 0,0025 (0,05 /20) ont été considérés comme statistiquement significatifs pour les résultats de suivi de l'étude.
Méta-analyse
Afin de tirer une statistique de synthèse pour l'association avec les quatre SNP qui ont montré une tendance pour l'association dans l'un des échantillons de suivi étudiés en provenance du Brésil, un modèle de méta-analyse des effets aléatoires a été utilisé pour estimer le rapport de cotes pour la présence de l'allèle associé déterminé par l'analyse de l'association pangénomique. Avant de mettre en commun les données, nous avons estimé Q la statistique de Cochran, qui indique le degré d'hétérogénéité. Il n'y avait aucune preuve significative de l'hétérogénéité globale (Q = 2,7, p = 0,264). Un modèle à effets aléatoires a été utilisé car il comprend des composantes de la variance à l'intérieur et entre les études. De plus, parce qu'il donne généralement un intervalle de confiance plus large que d'un modèle à effets fixes, le mode effets aléatoires est plus conservateur [21]. L'ensemble de données complet de Pittsburgh a été utilisé. Résultats de MedCalc la version 13 a été utilisé (MedCalc Software, Ostende, Belgique).
génome associations large étude
filtres de qualité sur des polymorphismes nucléotidiques simples ont été appliquées avant l'analyse, y compris l'exclusion du taux manquant monomorphe et de haute polymorphismes nucléotidiques simples ( & gt; 10%). De total 620,901 polymorphismes nucléotidiques simples dans la puce, 477,410 marqueurs passés contrôle de la qualité. Il y avait un supplément de 3,896 marqueurs qui ne sont pas en équilibre Hardy-Weinberg (p ≤ 0,0001) ou la fréquence des allèles mineurs étaient pas d'information (fréquence ≤ 0,05) et ont également été exclus. Un total de 473,514 unique nucléotidiques marqueurs de polymorphisme ont été utilisés pour l'analyse. Bien qu'aucun des polymorphismes nucléotidiques simples répondaient aux critères conservateurs pour la signification de l'ensemble du génome, loci suggestive multiple, représentés par un ou plusieurs associés marqueurs avec des valeurs p comprises entre 1E-5 et 1E-6, ont été observés dans l'échantillon de découverte (Figure 1). Figure 1 Manhattan parcelle résumant les résultats de la vaste étude d'analyse du génome. Aucune des valeurs p ont atteint le seuil de signification de 1E-07. Intercalants couleurs bleues indiquent des chromosomes différents. Le chromosome Y n'a pas été analysé, donc pas de marqueurs (couleur bleue) apparaissent. Les points rouges indiquent les résultats les plus significatifs.
Suivi des études
Nous avons sélectionné 20 polymorphismes nucléotidiques simples qui avaient des résultats cohérents dans les deux analyses de l'échantillon total et Blancs autodéclarées seulement pour tester dans deux cohortes indépendantes (tableau 2) . Inclusion du sexe, l'origine ethnique, le statut du diabète, le tabagisme et l'indice de masse corporelle avec l'âge dans le modèle n'a pas changé sensiblement les résultats et les données présentées ici sont basées sur le modèle le plus simple ajusté seulement par l'âge. Le marqueur de rs1477403 situé sur 16q22.3 était le seul qui a montré une tendance pour l'association dans la cohorte de Porto Alegre, Brésil [rapport de cotes = 1,2 (95% intervalle de confiance de 1,0 à 1,47); p = 0,05 pour la distribution allélique, tableau 2]. Trois marqueurs 21q22.11 ont montré une tendance à l'association (p-valeur nominale inférieure à 0,05) avec la parodontite chronique dans la cohorte de Rio de Janeiro (tableau 2). Ces marqueurs sont en fort déséquilibre de liaison avec l'autre (D '= 1.0)
. La méta-analyse
figures 2, 3, 4, et 5 montrent les rapports de cotes pour l'association de rs1477403 en 16q22.3 et trois SNP dans 21q22.11 dans les échantillons de Pittsburgh, et les deux cohortes brésiliennes. Seulement rs1477403 montrer une association qui est cohérente dans la direction pour les trois populations étudiées. L'allèle moins fréquente est sous-représenté chez les personnes touchées par la parodontite chronique, ce qui suggère un effet protecteur. Les résultats contradictoires entre les études pour les trois autres marqueurs 21q22.11 suggèrent une véritable association entre la parodontite chronique et le lieu n'existe probablement pas. Figure 2 Résumé des résultats de la méta-analyse pour rs1477403 (16q22.3).
Figure 3 Résumé des résultats de la méta-analyse pour rs9305434 (21q22.11).
Figure 4 Résumé des résultats de la méta-analyse pour rs2833017 (21q22.11).
Figure 5 Résumé des résultats de la méta-analyse pour rs2048126 (21q22.11).
Discussion
Dans cette étude, 2.685 échantillons d'ADN ont été analysés provenant de deux études de cohorte et d'un ensemble de données cas-témoins. Ces différents modèles d'étude expliquent la variation de la fréquence de la maladie parodontale dans chacun des groupes d'étude allant de 11% à 50%.
La première étape de notre étude comprenait une analyse du génome entier. parodontite chronique a une prévalence de plus de 47% aux États-Unis sur la base de données de la NHANES [22], et en général des tailles d'échantillon inférieures sont nécessaires pour étudier une maladie courante d'une maladie rare [23]. Cependant, avec le nombre relativement modeste de personnes touchées et la puissance statistique attendue, nous avons mis deux stratégies pour améliorer la puissance statistique. Nous avons inclus au moins quatre commandes pour chaque cas, ce qui est considéré comme la norme d'or pour le nombre de cas et de contrôle doivent être recueillies dans une étude génétique cas-témoins [23]. L'autre approchait était d'utiliser les cas d'au moins 30% des sites de la bouche affectée par la parodontite chronique, évitant ainsi l'inclusion des cas moins graves. Cette approche est pensé pour maximiser la variance des variables prédictives (chaque variante génétique ou X), qui, selon b x ± t nm-1; α√MSE /nV x (1-R < sup> 2) où MSE est l'erreur quadratique moyenne, n est la taille de l'échantillon, V x est la variance de X, et (1-R 2) est la proportion de la variance X ne partage pas tout d'autres variables du modèle, vont augmenter la puissance et la précision [24]. Bien qu'aucun polymorphisme nucléotidique simple association au génome large signification exposée, plusieurs régions génomiques ont montré des preuves suggestives pour l'association. Cependant, seuls quatre marqueurs génétiques dans deux loci ont montré également une tendance pour l'association dans des expériences indépendantes avec différents ensembles de données de la population, et un seul marqueur ont montré une association lorsque les échantillons ont été tirés. Ces résultats sont intéressants parce qu'une expérience a été faite dans une cohorte en milieu hospitalier dont les données cliniques est obtenu à partir de différents professionnels et une plus grande hétérogénéité, et les expériences suivantes ont été effectuées dans les cohortes et les données basées sur la population ont été recueillies avec rigueur expérimentale pour augmenter l'homogénéité. rs1477403 est situé à 16q22.3 et dans une séquence d'un ARN non codante non caractérisée (LOC100506172). Le changement de nucléotide est pas conservée dans la souris, chimpanzé, orang-outan, ou macaque selon les données disponibles au navigateur UCSC Genome et il est peu probable d'avoir un rôle fonctionnel direct, mais cette possibilité ne peut être exclue.
Notre approche pour sélectionner des marqueurs à suivi inclus comparant les 100 meilleurs résultats des deux analyses génome scan large. Nous aurions pu en priorité des marqueurs basés sur nos calculs de puissance initiale. Cependant, une hypothèse équitable pour les maladies parodontales est que les contributions de gènes individuels sont petits et si nous avons utilisé odds ratio seuils inférieur à 1,5, on aurait probablement plusieurs centaines voire milliers de marqueurs possibles à suivre. dessins en deux étapes pour la manipulation de SNPs classement basé sur les valeurs p ont été montré pour améliorer le classement et de diminuer les valeurs de signification surestimés [25-28] .Nous également effectué une analyse rencontré pour aider à interpréter les résultats des analyses des quatre SNP dans les trois groupes de population. Si une population produit une grande valeur p pour un SNP donné lorsque deux autres populations produites petits pour que SNP, il semble qu'il ya plusieurs raisons possibles. On serait que le SNP est réellement associé à la caractéristique des populations conférant le signal, mais le SNP est pas associé à la caractéristique de la troisième population. Une autre possibilité est que le SNP est associé au trait dans toutes les populations, mais l'échantillon d'individus prélevés dans l'une des populations par hasard est arrivé à fournir une faible puissance. Une troisième possibilité est bien entendu que le SNP est pas associé au trait, et les deux populations ont montré un signal étaient tous deux faux positifs. S'il n'y a, en vérité, d'association dans la troisième population, mais l'échantillon est arrivé à afficher une faible puissance, puis en direction de tout effet observé dans l'échantillon serait devrait être le même, il semble également pas improbable que, par hasard, il pourrait effectivement être opposée (p-valeurs faibles tailles moyennes des effets proches de zéro dans un échantillon donné, et en tant que tel, «l'effet» pourraient être dans les deux sens). Nous supposons que le signal pour le SNP 16q22.3 est réel, en dépit de l'analyse individuelle de l'une des populations brésiliennes n'indique pas d'association (Figure 2). D'autre part, étant donné que les signaux pour les SNP dans 21q22.11 ne sont pas cohérentes (figures 2 à 4), nous supposons les éléments de preuve pour l'association avec ce locus est un faux positif. Ces analyses illustrent le défi de l'interprétation des résultats pour ce genre d'études.
L'étude à l'échelle de première association du génome dans la parodontite ont étudié le type agressif de la maladie [8]. Cette étude a identifié une association avec un marqueur dans le locus de GLT6D1
et des expériences fonctionnelles a suggéré que réduit l'affinité de liaison au locus du GLT6D1 GATA3 pourrait être une composante de la physiopathologie de la parodontite [8]. Ce locus est pas celui que nous proposons d'être associé à la parodontite chronique. L'absence de chevauchement entre nos résultats et des autres [9, 10] dans large balayage de génome pour parodontite chronique et l'étude de Schäfer et al. [8] est probablement due au fait que ces deux conditions ont des influences génétiques distinctes. Nous avons précédemment montré que les agrégats de parodontite agressive dans les familles et son mode le plus parcimonieux de l'héritage est un modèle de transmission semi-générale qui permet la transmission des hétérozygotes pour faire varier [29]. Ceci est très différent de ce que nous voyons dans la parodontite chronique dans laquelle aucune agrégation familiale claire ne peut être détectée.
Nos avantages de l'étude de plusieurs points forts, y compris les données polymorphisme nucléotidique du génome entier et une évaluation rigoureuse et approfondie des phénotypes. Génotypage et d'assurance /contrôle de la qualité de la qualité ont fourni des données d'une qualité exceptionnelle. En outre, comme l'un des premier génome des études d'association larges pour parodontite chronique ont rapporté à ce jour, cette étude a accompli le but principal (de la grande association conception de l'étude du génome à base non-hypothèse), de générer de l'intérêt dans les gènes et les régions génomiques précédemment unstudied dans le contexte de la santé bucco-dentaire. Cependant, cette étude met également en lumière les défis de l'identification des gènes impliqués dans la maladie complexe commun, à savoir que de nombreux gènes, la plupart du temps de petites tailles d'effet, sont susceptibles de contribuer à la parodontite, et que la découverte de variantes individuelles peuvent être extrêmement difficile. Nos populations étudiées avaient un mélange d'individus à la fois blanc et noir patrimoine, et cela complique encore toute analyse puisque la fréquence de l'allèle peut être disparate entre les différentes populations. Même si nous avons pris soin en considération ce facteur, nous ne pouvons pas exclure la possibilité que les associations suggestives que nous avons trouvés sont influencés par la variation de l'origine ethnique des échantillons. Bien que la recherche sur la génétique de la parodontite est en retard sur beaucoup d'autres maladies complexes courantes de premier plan, cette étude fournit un tremplin pour l'avenir gène candidat et les études fonctionnelles des maladies parodontales. La disponibilité publique de ces données via des portails en ligne facilitera l'utilité de cette étude dans la conception de futurs efforts et des collaborations inter-études pour comprendre la génétique des maladies parodontales.
Conclusions
Nos données offrent une hypothèse claire à tester de manière indépendante en ce qui concerne la contribution du locus 16q22.3 à la parodontite chronique.
Endnotes
iPerformed dans une plate-forme Illumina 610-Quad.
iiStored dans les kits Oragene ADN auto-Collection (DNA Genotek Inc ., Ottawa, ON, Canada).
iiiUsing la Illumina Human610-Quadv1_B BeadChip (Illumina Inc., San Diego, CA, USA).
ivPerformed sur Applied Biosystems 7900 HT détection de séquence Remerciements Déclarations de la machine du système (Applied Biosystems Inc., Foster City, CA, USA).
les auteurs sont redevables à tous les patients qui ont accepté avec enthousiasme de faire partie de ce projet. Les données de cette étude ont été fournies par le référentiel dentaire Registre et l'ADN de l'École de médecine dentaire, Université de Pittsburgh. Le soutien financier pour ce travail a été fourni par le NIH Grant 5TL1RR024155.
Résumé des principales conclusions
Un marqueur en 16q22.3 est associée à la parodontite chronique dans plusieurs populations diverses et peut être d'une importance pour déterminer le risque de la maladie.
électronique de matériel supplémentaire
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Les auteurs ont aucun conflit d'intérêts à déclarer. Les contributions de
auteurs
PF, PLC, KD, HK J-HK effectué la manipulation de l'ADN et toutes les expériences de laboratoire. PF, XW, PLC, ECK, et ARV analysées et interprétées les données. PLC, JN, ANH, VQ, LLB, CS, JMG et ARV effectuées les activités liées au recrutement des sujets, des définitions de phénotype, et la collecte d'échantillons biologiques. PLC, JMG, CS, et ARV conçu les études de cohorte d'origine. Tous les auteurs critique révisé le manuscrit. Tous les auteurs ont lu et approuvé le manuscrit final.
