Résumé
Contexte
thérapie parodontale conventionnelle vise à contrôler les biofilms supra- et sous-gingivales. Bien que la thérapie parodontale a été montré pour améliorer la santé parodontale, il n'arrête pas complètement la maladie. Presque tous les sujets Conforme à la maintenance parodontale continuent de subir une perte progressive d'attache clinique et une fraction d'entre eux perd des dents. Une greffe microbienne orale
peut être une nouvelle alternative pour le traitement de la parodontite (inspiré par la transplantation fécale). D'abord, il doit être établi que microbiomes de santé bucco-dentaire et la parodontite sont distincts. Dans ce cas, le microbiome de santé associé pourrait être introduit dans la cavité buccale des patients atteints de parodontite. Cela concerne les objectifs de notre étude: (i) d'évaluer si les communautés microbiennes de l'ensemble de la cavité buccale des sujets atteints de parodontite étaient différents de la santé ou orale contrastée par microbiotes de caries et les patients édentation; (Ii) pour tester in vitro
si la concentration sécuritaire de l'hypochlorite de sodium peut être utilisé pour l'éradication initiale du microbiote orale originale suivie d'une neutralisation en toute sécurité de la transplantation antérieure d'hypochlorite.
Méthodes
Seize adultes blancs systémique sains avec des signes cliniques d'une des conditions orales suivantes ont été inscrits: parodontite, les caries établies, édentement et santé bucco-dentaire. échantillons de biofilms oraux ont été prélevés dans des sites sous et supra-gingival, et les muqueuses orales. L'ADN a été extrait et les gènes 16S ARNr ont été amplifiés. Amplicons provenant du même patient ont été mises en commun, séquencées et quantifiés. Résultats de la plaque orale de bénévoles a été traitée avec une solution saline, mM NaOCl et NaOCl 16 neutralisé par un tampon ascorbate suivi par étalement sur gélose au sang.
parcelles Ordination des abondances de gènes ARNr révélé groupes distincts pour les microbiomes orales de sujets atteints de parodontite, édentement ou santé bucco-dentaire. Le microbiome orale chez des sujets atteints de parodontite a montré la plus grande diversité abritant 29 espèces bactériennes à l'abondance significativement plus élevée par rapport aux sujets avec les autres conditions évaluées. des sujets sains avaient l'abondance significativement plus élevée chez 10 espèces microbiennes par rapport aux autres conditions. NaOCl a montré de fortes propriétés antimicrobiennes; ascorbate non toxique était capable de neutraliser l'hypochlorite
. Conclusions
signatures microbiennes orales distinctes ont été trouvées chez les sujets atteints de parodontite, édentation ou santé bucco-dentaire. Cette découverte ouvre un potentiel pour un nouveau traitement, par lequel une communauté microbienne orale entière liée à la santé serait transplanté au patient malade.
Mots-clés
bactériothérapie Microbial greffe Caries édentation parodontite matériel supplémentaire électronique complexe Red The version en ligne de cet article (doi:. 10 1186 /s12903-015-0109-4) contient du matériel supplémentaire, qui est disponible pour les utilisateurs autorisés
Contexte
Le microbiome oral humain est composé d'une grande variété. des micro-organismes qui jouent un rôle important dans la santé et la maladie. Les bactéries, par exemple, maintenir la santé bucco-dentaire et systémique [1], mais peut aussi causer des maladies. Bactériophages forme diversité microbienne [2]. Protozoaires et champignons consomment les débris alimentaires et d'autres microbes [3, 4] et archées utiliser des sous-produits de fermentation pour produire du méthane [5]. Pourtant, en termes d'espèces microbiennes, notre compréhension actuelle du microbiome orale humaine est limitée à quelques micro-organismes bien étudiés. Sur la base de ce qui est connu au sujet de ces microbes, les chercheurs ont développé des modèles conceptuels dans le but explicite de déterminer l'étiologie des maladies buccales (par exemple, [6, 7]). Ces modèles suggèrent des interactions putatives entre les micro-organismes ainsi qu'entre les micro-organismes et l'hôte. Bien que ces études ont considérablement avancé sur le terrain, des études récentes montrent que la cavité buccale est un habitat complexe et dynamique composé de centaines d'espèces différentes qui interagissent [8, 9].
Le modèle conceptuel de la parodontite est que Porphyromonas gingivalis, Tannerella forsythia , Treponema denticola
et actinomycetemcomitans Aggregatibacter
sont responsables de la maladie [6, 10, 11]. Preuve de modèles animaux a indiqué que ces bactéries peuvent perturber l'homéostasie tissulaire en manipulant les voies de signalisation de l'hôte et une fois que l'immunité innée est compromise, entraîner un changement dans l'abondance relative des microbes, ce qui entraîne l'inflammation et la perte osseuse [12, 13]. Pourtant, il est bien établi que ces bactéries à savoir, P. gingivalis, T. forsythia, T. denticola, A. actinomycetemcomitans
, sont également présents dans la cavité buccale en bonne santé (par exemple, [14-19]). En outre, P. gingivalis
ne figure pas dans la moitié des patients souffrant de parodontite chronique ou agressifs [20]. Le paradoxe de ces microbes étant présents dans les deux questions sur la santé et les maladies de la validité des fondements conceptuels de l'étiologie de la parodontite, qui invite à d'autres façons de penser à la parodontite, ainsi que d'autres maladies bucco-dentaires.
Thérapies parodontales classiques visent à contrôler biofilms supra- et sous-gingivales et la gestion des facteurs pronostiques tels que mauvais contrôle glycémique chez les sujets atteints de diabète sucré et le tabagisme actif [21, 22]. Bien qu'il ait été démontré que la thérapie parodontale pour améliorer la santé parodontale et réduire le taux de perte supplémentaire clinique de fixation [23, 24] et la perte des dents en raison de la parodontite [25-27], il est loin d'arrêter complètement la maladie. Presque tous les sujets conformes aux soins d'entretien parodontale continuent de montrer des signes de perte progressive d'attache clinique, et un à deux tiers d'entre eux, perdent une ou plusieurs dents au cours d'une période prolongée de parodontale soins d'entretien [28, 29]. Nous croyons que la nouvelle pensée est nécessaire pour trouver des moyens efficaces de traitement de la parodontite.
La connaissance d'un domaine différent indique qu'une communauté microbienne appropriée est une clé pour le maintien de la résistance contre l'infection. Un exemple classique est le microbiome intestinal, qui protège l'hôte de Clostridium difficile
(CD) infection. Plus précisément, certains patients développent la colonisation de CD de leur intestin lors d'un traitement antibiotique, qui éradique leur microbiome innée. Une stratégie réussie de lutte contre la CD en transplantant microbiote intestinal à partir d'un donneur sain a été médicalement enregistré il y a plus de 50 ans [30]. (Les origines de la procédure de retour à la 4
e siècle en Chine [31]). Plus précisément, une suspension de selles provenant d'un partenaire intime systémique sain, parent ou un ami est introduit dans le tractus gastro-intestinal du destinataire via la coloscopie, lavement ou un tube nasogastrique. Récents rapports d'examen systématiques environ 90% l'efficacité de l'élimination de l'infection de CD par une transplantation fécale [32]. En plus de l'infection de CD, d'autres maladies potentiellement dysbiotic se sont avérées être sensibles à la transplantation microbienne, telle que la maladie inflammatoire de l'intestin, de l'obésité. Pour un examen sur les développements actuels dans la greffe microbienne intestinale voir Kelly et al. [33].
Inspiré par le succès de la transplantation fécale, ici, nous avons proposé un concept d'une greffe microbienne comme une thérapie potentielle pour la parodontite. Nous envisageons la thérapie de composé de trois étapes: (i) sous-récolte et supra-gingival microbiote d'un donneur sain, par exemple, un conjoint ou un partenaire; (Ii), d'effectuer un nettoyage en profondeur, la planification de la racine et l'application d'un large spectre agent antimicrobien au patient de parodontite; et (iii) la neutralisation de l'agent antimicrobien immédiatement après par un rinçage avec une suspension microbienne récoltée à partir du donneur sain chez le patient de la parodontite.
Les objectifs de la présente étude étaient de deux ordres. Le premier objectif était d'évaluer si l'ensemble de la communauté microbienne orale de parodontite était différente de caries établies, édentement et santé bucco-dentaire. Le deuxième objectif était de tester une approche pour l'application d'un large spectre sécuritaire agent antimicrobien (NaOCl) afin de réduire considérablement la charge de microbiome existante suivie d'une neutralisation de cet agent pour la transplantation microbienne ultérieure.
Méthodes
étude des sujets
sujets adultes ont été recrutés au département de parodontologie, Université de Washington, Seattle, WA, États-Unis et de la section de parodontie, Université de Düsseldorf, en Allemagne. Un consentement éclairé pour la participation à l'étude a été obtenue à partir des sujets. L'étude a été approuvée par l'Université de l'Institutional Review Board Washington, ref. Numéro 3570. Les sujets ont été inscrits si elles avaient l'une des conditions cliniques suivantes: parodontite sévère, caries, édentation ou santé bucco-dentaire. Un cas de parodontite a été défini comme ayant au moins 2 sites interdentaires à différentes dents avec une perte d'attache clinique (CAL) de 6 mm ou plus et au moins 1 site interproximal avec la profondeur de sondage (PD) de 5 mm ou plus [34] et un minimum de 20 dents permanentes, non compris 3 ème molaires. Les sujets ont été exclus du groupe parodontite si elles avaient de multiples caries lésion établie ou portaient une prothèse partielle amovible. Un cas de caries a été défini comme ayant le nombre suivant de dents avec établies lésions carieuses: 6 ou plusieurs dents chez les sujets de 20 à 34 ans; 4 ou plusieurs dents chez les sujets de 35 à 49 ans; et 3 ou plusieurs dents chez les sujets de 50 ans et plus. caries établies a été définie comme une lésion de classe 4 selon la détection internationale Caries et système d'évaluation. Le nombre de dents avec la carie lésion dans la carie cas était supérieur à un écart-type au-dessus de la moyenne des caries mesure dans le groupe d'âge respective, l'U.S.A. [35]. Les critères d'exclusion pour un cas de caries étaient des sites interdentaires avec CAL de 4 mm ou plus ou PD de 5 mm ou plus [34]. Un cas édenté a dû être complètement édenté dans les deux mâchoires et leurs dents ont dû être extraites plus d'un an avant l'inscription à l'étude. Un cas sain a été défini comme ayant 28 dents, sans compter 3 ème molaires, ou 24 dents ou plus, sans compter 3 ème molaires si prémolaires ont été extraites pour des raisons orthodontiques ou étaient congénitalement manquantes sans aucun signe de orale maladie. Les critères d'exclusion pour une affaire saine inclus: le tabagisme, la perte des dents permanentes dues à la carie ou la parodontite, tous les sites de interdentaires avec CAL de 4 ou plus ou PD de 5 mm ou plus, ou des lésions carieuses établies. Exclusioncriteria pour tous les groupes inclus: lésions de la muqueuse buccale, les maladies systémiques, et l'utilisation d'antibiotiques ou antiseptiques locaux dans les 3 mois précédant l'étude prélèvement d'échantillons de
Pour tous, mais les patients édentés, la plaque supra- et sous-gingival ont été recueillis. à partir de six sites avec le plus profond profondeur de sondage dans chaque sextant. Un point de papier stérile par site a été inséré dans l'aspect le plus profond de la poche parodontale ou sillon gingival. Biofilm de muqueuses buccales ont été recueillies en faisant glisser un coton-tige stérile sur les surfaces épithéliales de la lèvre, les muqueuses buccales, le palais, et dos de la langue [36] gauche et à droite. Les échantillons ont été stockés à -80 ° C. Microbial ADN
méthodes moléculaires a été isolé à partir des cellules par rupture physique et chimique à l'aide de zircone /billes de silice et de l'extraction au phénol-chloroforme dans un bourrelet FastPrep-batteur 24 [37]. Procaryotes gènes 16S ARNr ont été amplifiés en utilisant des amorces universelles (27 F et 1392R) en utilisant le kit GemTaq de MGQuest (Cat # de EP012). Le programme de PCR implique une étape de pré-amplification de 10 cycles avec une température d'hybridation de 56 ° C, suivie par 20 cycles d'amplification avec une température de recuit de 58 ° C. Dans chaque cycle, le temps d'allongement était de 1 min 10s, à 72 ° C. PCR a été finalisé par un allongement prolongé pendant 5 min. Les produits de PCR ont été purifiés avec de l'ADN Clean & amp; colonnes Concentrateur (Zymo Research, USA) et quantifiée en utilisant le NanoDrop (Agilent, États-Unis).
Pour des raisons techniques, pour certains sujets, sous-gingivale et microbiotes muqueuses ont été regroupées en un seul flacon, tandis que pour d'autres sujets de la sous-gingivale et muqueux microbiotes ont été stockés séparément. Depuis notre objectif était d'étudier l'ensemble de la communauté microbienne, pour le supra stockés séparément et des échantillons de microbiote subgingivaux, des quantités égales de produit de PCR dérivées à partir d'échantillons de frottis et de point de papier ont été regroupées pour chaque patient. Pour les patients édentés, il n'y avait pas d'échantillons de pointes en papier. Chaque produit de PCR purifié, 500 ng, a été marquée avec un code d'identification de multiplexage (MID) au cours de l'étape de préparation de la bibliothèque Roche rapide. Quatre séquences MID-marquées, représentant chacune des conditions, ont été combinées à des concentrations équimolaires et soumis à des protocoles emPCR et de séquençage d'ADN tel que spécifié par les recommandations du fabricant pour l'instrument Roche 454 Jr.
. L'analyse des données
Les séquences obtenues ont été séparés par leur multiplexe identifiant respectif (MID) et téléchargées vers le serveur Web MG-RAST [38]. Le pipeline MG-RAST a évalué la qualité des séquences, des séquences courtes retirées (multiplication de l'écart type de la longueur de coupure de 2,0) et retiré des séquences avec pb ambiguë (non-ACGT, nombre maximum autorisé de paires de bases ambiguës a été fixé à 5). Le pipeline annoté les séquences et a permis l'intégration des données avec des échantillons métagénomique et génomiques précédents. La base de données RDP a été utilisé comme source de l'annotation, avec une identité de séquence d'au moins 97%, au maximum de coupure électronique 10 à une valeur -5, et la longueur de séquence minimale de 100 bases. analyse de la diversité de Alpha a été menée en MG-RAST.
transformation orthogonale des gènes ARNr annotés à leurs principaux composants (PC) a été réalisée en utilisant les abondances normalisées [39, 40]. La normalisation de l'abondance a été réalisée de manière identique à la procédure utilisée par MG-RAST. Plus précisément, les abondances ont été augmentés par un, LOG2 transformés, et centrés pour produire des valeurs relatives. Les valeurs relatives ont été normalisés en les divisant par l'écart-type des valeurs log2 [38]. Les données ont été tracées sur un terrain de coordination dimensionnelle 2. Pour déterminer la contribution relative des espèces microbiennes à la parcelle, nous Soit X la matrice 16 par 578 (patients par espèce) des valeurs d'abondance normalisées. La matrice X a été utilisée pour produire un 16 × 16 matrice D des distances entre toutes les paires de matières. Principale analyse (PCoA, à savoir mise à l'échelle multidimensionnelle) de coordonnées a été obtenue en effectuant une analyse en composantes principales (PCA) sur la matrice de distances, D. La distance euclidienne métrique a été utilisé pour créer cette matrice, mais cette mesure a produit des résultats semblables à ceux lorsque le alternatif Bray-Curtis distance a été utilisé. Pour étudier et de visualiser les différences entre les quatre groupes de patients, les deux premières composantes principales, PC1 et PC2, de la matrice de distance D ont été retenus. Pour établir quelles espèces étaient plus en évidence responsables des groupements, la projection de chaque espèce sur le (PC1, PC2) plan a été calculé; ces espèces avec les plus grandes projections sont affichées dans le panneau de droite de la figure. 3. Autrement dit, ce chiffre montre une biplot des espèces PC1 et PC2 plus fortement corrélés.
Test de Mann-Whitney (alpha = 0,05) a été utilisée pour étudier de différence significative dans les abondances relatives normalisées. Les données d'abondance ont été normalisées de deux façons différentes: MG-RAST normalisation comme décrit ci-dessus et abondances premières normalisée au nombre total de lectures dans un échantillon. Les différences dans les diversités alpha par état ont été déterminées en utilisant ANOVA. Deux-tailed T-tests, en supposant une variance inégale, ont été utilisés enquêter s'il était significativement différente dans les moyens (alpha = 0,05). Ces analyses ont été effectuées en utilisant SAS JMP.
Expériences d'hypochlorite de sodium
Selon concentration suggéré précédemment [41], des expériences d'hypochlorite de sodium ont été réalisées avec une dilution de l'eau de javel à 6% 01:50 (Chlorox, The Clorox Company, USA), la «solution de travail hypochlorite". La dilution correspond à 16 mM de NaOCl. L'agent de neutralisation est un tampon à l'ascorbate de sodium produite en ajustant le pH d'une solution d'acide ascorbique 23 mM avec du NaOH concentré jusqu'à trois échantillons de pH 5,3 de la plaque dentaire à partir d'un volontaire a été soumis à trois problèmes:. (I) la remise en suspension dans une solution saline, (ii) la remise en suspension dans la solution d'hypochlorite de travail et (iii) la remise en suspension dans la solution d'hypochlorite de travail qui a été préalablement neutralisée avec un volume égal du tampon à l'ascorbate. Des échantillons de plaque remises en suspension ont été étalées sur des plaques de gélose au sang.
concentration en chlore actif est évalué grossièrement par colorimétrie l'iode. Une solution colorimétrique contenait 1 volume de 0,1% de solution d'amidon stabilisé (Fisher Scientific) mélangé avec 0,1 volume de 1 M d'iodure de potassium. Deux volumes de la solution de colorimétrie ont été mélangées avec 1 volume de la solution contenant du NaOCl. couleur bleu intense indiqué chlore actif détectable. L'iode colorimétrie a été étalonnée avec une série de dilution de la solution de travail d'hypochlorite avec les dilutions suivantes 1: 200, 1: 400, 1: 800, 1: 1600, 0. Le dilution1: 800 montré encore un soupçon de bleu, tandis que 1: 1600 était complètement incolore les données démographiques de de. les résultats
Un total de 16 sujets, 4 sujets avec chacune des affections bucco-dentaires évalués, ont été enrôlés dans l'étude. Dix sujets étaient de l'Allemagne et 6 de la U.S.A. .; 9 étaient des femmes et 7 hommes. L'âge des sujets inscrits variait de 28 à 92 ans. Les sujets atteints de parodontite avaient une médiane de 34 sites (extrêmes 15-48) avec PD de 4 à 6 mm et 5 sites (intervalle de 4 à 26) avec PD de 7 mm ou plus alors aucun des sujets présentant des caries et aucun des sain des sujets avaient des sites avec PD de 4 mm ou plus. Les sujets présentant des caries avaient une médiane de 14 dents (fourchette 9 à 17) avec des caries établies tout en parodontite et les sujets sains étaient pour la plupart des caries libre (tableau 1) .Table 1 Démographie de la population des patients
Condition
Parameter
Healthy
Periodontitis
Caries
Edentulous
America/Europe
0/4
2/2
2/2
2/2
Male/Female
2/2
2/2
2/2
1/3
Ages
41 (31-52) un
47 (28-58)
39 (29-49)
77 (58-92)
Nombre de dents
27 (25-28)
28 (22-30)
28 (22-31)
0
ICDAS ≥ 4
0
0 (0-1)
14 (9-17)
-
PD ≤ 3 mm
100
62 (26-79)
100
-
PD 4-6 mm
0
34 (15-48)
0
-
PD ≥ 7 mm
0
5 (4-26)
0
-
ICDAS carie
détection international caries et système d'évaluation, 4
désigne établi (dentine ombre), la profondeur de la poche de PD
aMedian (min-max)
microbiens signatures
La moyenne (± std ) nombre de 16S ARNr amplicons séquences par microbiote orale individuelle était 13.104 ± 5.533 (fichier supplémentaire 1: Tableau S1). La longueur et la GC contenu des séquences était similaire pour tous les individus: 514 ± 10 pb et 53 ± 1 pb, respectivement. Comparaison du nombre de séquences, longueur de la séquence, ou le contenu de GC n'a révélé aucune différence significative selon l'état oral ou le sexe, ce qui indique un ensemble de données équilibré. La courbe de raréfaction de la plupart des échantillons a approché la saturation, ce qui indique suffisamment lit pour les comparaisons par l'état et le sexe (Fig. 1). Figue. 1 courbes de raréfaction obtenus en utilisant la base de données RDP avec 97% de similarité, l'alignement minimum de 100 pb et e-valeur de 10-5. Voir le tableau 2 pour les étiquettes
Alpha diversité du microbiome orale chez des sujets de parodontite était significativement (p & lt; 0,05) par rapport à celle observée chez les sujets présentant des caries et des sujets édentés. Bien que le microbiome oral était plus diversifié chez les sujets de parodontite par rapport à des sujets sains, la différence a raté la signification statistique (p = 0,06) (Fig. 2). La composition de la microbiome orale chez des sujets atteints de parodontite est nettement différente de celle de toutes les autres affections bucco-dentaires. Plus précisément, la condition de la parodontite avait une plus grande abondance de Bacteroidetes (32%), Fusobacteria (7%), spirochètes (5%) et Synergisetes (1%) et moins Actinobactéries (14%) (Fig. 3). Actinobactéries étaient les plus abondants dans le microbiome oral de sujets sains (28%) et édentés (34%), suivie par Firmicutes, qui a eu lieu en abondances de 22% et 30%, respectivement (Fig. 3). Les sujets présentant des caries ont montré abondances quelque peu inférieurs de Actinobactéries (19% contre 29%) et un peu plus abondances de Fusobacteria (5% contre 3%) dans les communautés microbiennes par voie orale par rapport à des sujets sains (Fig. 3). Figue. 2 microbiens différences de la diversité des espèces parmi les quatre conditions orales. Montré sont des données brutes, écart moyen et standard. (* P = 0,06, ** p & lt; 0,05, *** p & lt; 0,001, T
-test)
Fig. 3 Pourcentage abondance de microbes par phylum et l'état
"Le complexe rouge"
Une parcelle de coordination sur la base des gènes ARNr 16S a révélé que les microbiomes oraux chez les sujets atteints de parodontite, édentation ou santé bucco-dentaire ont formé des groupes distincts (Fig. 4, panneau de gauche). L'intrigue de coordination explique 78% de la variabilité observée. Ces résultats, ainsi que les valeurs élevées de diversité, suggèrent que microbiome orale chez des sujets atteints de parodontite, les sujets édentés, et les sujets sains étaient très différents les uns des autres. Permutation MANOVA (pseudo F test, refs. [42, 43]) a montré des différences significatives dans les espèces microbiennes abondances entre les quatre conditions orales (p-valeur Bonferroni ajusté de 0,0083). L'ajustement de Bonferroni se réfère aux comparaisons 6, à savoir, toutes les paires des 4 groupes. Afin de déterminer si les bactéries "complexes rouge" (P. gingivalis
, T. denticola
et T. forsythia
) étaient déterminants absolus pour la signature microbienne de la parodontite, les abondances de ces organismes ont été enlevés de l'ensemble de données d'origine. analyse MANOVA et coordination parcelle non-paramétrique de l'ensemble sans bactéries «complexes rouge» n'a pas modifié les résultats présentés dans la figure données. 4a ou la valeur p. Figue. 4 Panneau de gauche
: ACoP parcelle de coordination des 16 échantillons oraux humains par condition. Condition: rouge
, parodontite;
bleu, caries;
noir, édentée;
vert, sain. Droit
panel: Projection des principales espèces microbiennes qui contribuent aux groupes
Projeter le top 23 des bactéries contribuant sur le terrain ACoP (à savoir, biplot) montre la contribution relative des bactéries à l'ordination (figure 4, à droite.). Puisque le but de l'biplot était principalement illustrative, le nombre d'espèces affichées, 23, a été choisi arbitrairement sur la base de la queue supérieure de l'histogramme des tailles de projection (de fichiers supplémentaires 1: Figure S1). P. endodontalis, Prevotella intermedia, T. vincentii,
et une Porphyromonas
sp. Inculte se sont avérés contribuer à la composition microbienne dans la parodontite tandis qu'un complexe de P. melaninogenica, Fusobacterium nucleatum, P. catoniae, Capnocytophaga ochracea
et C. sputigena, C. gingivalis, Haemophilus parainfluenzae et Neisseria elongata
contribué à la composition microbienne des sujets sains par voie orale. Les membres de la
Streptococcus et Lactobacillus
ont été associés à l'édentement.
Les espèces contribuant aux différences dans la diversité et les regroupements dans le complot de coordination sont présentés au tableau 2. Vingt-neuf des espèces microbiennes 587 avait abondances plus élevées chez les patients atteints de parodontite que ceux des autres conditions évaluées. Chez les sujets sains, 10 des espèces microbiennes 587 ont été trouvés dans les abondances plus élevées par rapport aux sujets non-sains (tableau 3) .Table 2 Espèce bactériennes qui avaient significativement différentes abondances (%) entre les individus avec le non-parodontite (NP ; par exemple, la santé, la carie, édentés) et la parodontite (P) abondances basées sur le test de Mann-Whitney (alpha = 0,05)
Phylum /classe
genre /espèce
NP
P
actinobactéries
Atopobium vaginae
0,01
0,35 *
Actinomyces georgiae
0,05
0,35 **
Actinomyces meyeri
0,10
0,49 **
Bacteroidetes
Porphyromonas endodontalis
0,12
2,91 *
uncultured Porphyromonas sp.
0,04
1,26 *
Porphyromonas gingivicanis
0.00
0,04 **
Tannerella forsythia
0.20
0,83 *
Prevotella intermedia
0,12
3,23 *
Prevotella pallens
0,14
0,85 *
Prevotella pleuritidis
0.00
0,01 **
Prevotella salivae
0.20
0,74 **
Firmicutes /Clostridia
Parvimonas micra
0,12
1,19 *
Eubacterium saburreum
0,07
0,28 *
Pseudobutyrivibrio xylanivorans
0.00
0,06 *
Peptostreptococcus anaerobius
0,07
0.50 *
Firmicutes /Negativicutes
Megasphaera micronuciformis
0,12
0,92 *
Fusobacteria
Leptotrichia wadei
0,10
0,32 **
Proteobacteria /deltaproteobacteria
uncultured Desulfobulbus sp.
0.00
0,02 *
Proteobacteria /epsilonproteobacteria
Campylobacter rectus
0,03
0,14 *
Campylobacter concisus
0,03
0,07 **
spirochètes /Spirochaetales
Treponema denticola
0,07
1,60 *
Treponema maltophilum
0,01
0,25 *
Treponema moyen
0,03
0,29 *
Treponema socranskii
0,05
0,21 *
Treponema sp.
0,03
0,10 *
Treponema vincentii
0,07
0,71 *
Treponema pectinovorum
0.00
0,04 **
synergistetes
synergistetes bactérie SGP1
0,05
0,23 *
Aminobacterium colombiense
0,01
0,05 *
* différence significative en utilisant les deux méthodes de normalisation (c.-à-espèces premières abondances ont été log2 transformé, normalisée pour produire des valeurs relatives ((premières valeurs de la moyenne) /std) versus abondances normalisé au nombre total de lectures dans un échantillon)
** différence significative pour abondances en utilisant des données normalisées seulement au nombre total de lit dans une espèce échantillon
Tableau 3 microbiens qui avait significativement différentes abondances (%) entre les individus avec le non-santé (NH; parodontite, les caries, édentés) et en bonne santé (H) abondances basées sur le test de Mann-Whitney (alpha = 0,05)
Phylum /classe
genre /espèce
NH
H
actinobactéries
Micrococcus lylae
0.00
0,03 **
Bacteroidetes
Prevotella marshii
0,01
0,09 **
Le Firmicutes /bacilles
Abiotrophia para-adiacens
0,22
0.60 **
Granulicatella elegans
0.20
0,66 *
Granulicatella adiacens
0.60
1,27 **
Streptococcus iniae
0,04
0,15 *
Firmicutes /Negativicutes
Selenomonas ruminantium
0.00
Figue. Tous les auteurs ont lu et approuvé le manuscrit final.
